Der wissenschaftliche Beirat berät das Kolleg in allen Fragen, die das wissenschaftliche Programm betreffen, und entscheidet über die Fellowauswahl. Ein zusätzlicher interner Beirat bindet Morphomata in die Kölner Philosophische Fakultät ein und entscheidet über die einsemestrigen Kölner „Fellows“ (Freistellungen).